Ιδιαίτερη βαρύτητα έδωσε ο Άγιος Νεκτάριος στον ποιμαντικό τομέα. Με πρωτοβουλία του Αγίου Νεκταρίου, η κοινότητα Καΐρου οργάνωνε «ευεργετικές θεατρικές παραστάσεις» όπως τις αποκαλούσαν τότε, για τη συλλογή χρημάτων προς διανομή των βοηθημάτων των φτωχών στις μεγάλες γιορτές των Χριστουγέννων και του Πάσχα. Επίσης, η επιτροπή της κοινότητες ενίσχυε τους φτωχούς με ποσά που διέθετε από την είσπραξη των συνδρομών των εγγεγραμμένων μελών της, κι αν αυτό ήταν αδύνατο έπαιρνε από τα αποθεματικά κεφάλαια των κτημάτων της κοινότητας. Στους φτωχούς η επιτροπή διένειμε λάδι και ρουχισμό. Υπήρχαν περιπτώσεις που ο Άγιος εξέδιδε δωρεάν πιστοποιητικά τέλεσης μυστηρίων, για να απαλλάξει τους φτωχούς από ένα επιπλέον βάρος, και με τον τρόπο αυτό κέρδιζε την εμπιστοσύνη τους προς την Εκκλησία. Ήταν κι αυτός ένας τρόπος διαποίμανσης.
Το σπουδαιότερο έργο που έγινε από την κοινότητα Καΐρου επί πατριαρχικού επιτρόπου του Αγίου, ήταν η «ἀνέγερσις δέκα ἑπτά οἰκίσκων τῶν πτωχῶν», στο προαύλιο του ναού του αγίου Μάρκου στο προάστιο Χαρτ-αρ-Ρούμ του Καΐρου. Οι εργασίες ανέγερσης άρχισαν στις 28 Οκτωβρίου 1886, με την υποβολή σχεδίου ανέγερσης και ολοκληρώθηκαν στις 19 Δεκεμβρίου 1888 με τα εγκαίνια του πτωχοκομείου. Η σπουδαιότητα του έργου έγκειται στην υλοποίησή του, σε μια περίοδο που χαρακτηρίζεται ως οικονομικά προβληματική για την κοινότητα του Καΐρου. Διαβάζοντας κανείς τα πρακτικά των συνεδριάσεων της κοινότητος θαυμάζει την επιμονή τόσο του πατριάρχου Σωφρονίου και του Αγίου Νεκταρίου, όσο και των μελών της κοινότητας, για την πραγμάτωση του σχεδίου στέγασης των φτωχών. Στις συνεδριάσεις αυτές γίνεται λόγος για άδεια κοινοτικά ταμεία και για τις ποικίλες μεθόδους που χρησιμοποιήθηκαν για να επιτευχθεί το ανθρωπιστικό αυτό έργο.
